Вчені з Інституту молекулярної генетики Макса Планка вперше визначили сукупність взаємодії майже всіх матричних РНК з білками в ядрах ядрах людських клітин. Для отримання таких даних їм довелося модифікувати стандартний метод вивчення РНК-білкових взаємодій. Роботу опубліковано в журналі.
Вперше можливість вивчати взаємодії РНК і білків, що відбуваються в живих клітинах, з'явилася кілька років тому з технікою IC (interactome capture). Експеримент починається з опромінення досліджуваних клітин ультрафіолетом, через що між взаємодіючими РНК і білками утворюються зшивки. Матричні РНК мають поліаденіновий кінець, що дозволяє «ловити» їх за рахунок комплементарної взаємодії з політіміновою послідовністю. Після такої екстракції РНК-білкових комлексів зшивки руйнують, РНК видаляють з розчину, а набір отриманих білків ідентифікують за допомогою мас-спектрометрії.
У новій роботі вчені модифікували цей метод, щоб отримати інформацію про зацікавлену їх органелу. Перша відмінність нової методики, названої serIC - з опромінених клітин вчені витягли ядра, щоб вивчити РНК і білки тільки з цього компартменту. Друге - екстраговані комплекси були оброблені ферментами, що розщеплюють ДНК, щоб видалити її і пов'язані з нею білки. Крім того, виділення проводиться в денатуруючих умовах - це дозволяє видаляти всі білки, які не зшиті з РНК, а пов'язані з іншими білками і з РНК безпосередньо не взаємодіють.
Ядерний інтерактом показав, що матрична РНК пов'язана з великою кількістю білків, що беруть участь у p53 відповіді на пошкодження ДНК, а також у репарації двозчіпкових розривів ДНК. Крім того, вчені виявили нові білки, які можуть одночасно пов'язувати і ДНК, і РНК, що розкриває нові зв'язки між регуляцією транскрипції і сплайсингом РНК. Отримані дані є важливим джерелом інформації для подальших досліджень функціонування РНК в ядрі.